Jest to jedno z najstarszych muzeów w Polsce.
Zbiory w nim zgromadzone, należą do rodziny Czartoryskich (edit: W grudniu 2016 roku, rząd polski odkupił od rodziny Czartoryskich zbiory). Jest to arystokratyczna rodzina, spokrewniona z wieloma znakomitymi rodami europejskimi.
Początkowo zbiory były prezentowane w Puławach, w świątyni Sybilli przez Izabellę Czartoryską, której bardzo zależało na ocaleniu pamiątek z historii Polski, dla potomnych. Po upadku powstania listopadowego, Czartoryscy zostali zmuszeni do ucieczki do Paryża. Tam w hotelu Lambert, Czartoryscy dalej kompletowali swoją kolekcję.
Pod koniec XIX w, zbiory przeniesione zostały do Krakowa. Początkowo były prezentowane w arsenale miejskim, jednak książę Władysław Czartoryski zakupił wschodnią część klasztoru pijarów i 3 pobliskie kamienice. Budynki zostały przebudowane i połączone w jedną ciągłą budowlę o bardzo oryginalnym wyglądzie. Budynek miał charakter pałacowo-muzealny, z pięknymi zdobieniami.
Dama z łasiczką
Do najcenniejszych eksponatów, a niewątpliwie do jednych z najbardziej wartościowych w Polsce, należy słynna Dama z Łasiczką Leonarda Da Vinci, będąca w kolekcji Czartoryskich od 1800 roku. Jest to jedyne dzieło da Vinci w Polsce. Obraz przedstawia Cecylię Gallerani, kochankę księcia Ludwika Sforzy. W czasie II wojny, obraz był dekoracją rezydencji Hansa Franka. Wrócił do Polski w 1946 roku.
Z powodu remontu, obraz Dama z Łasiczką, eksponowany jest obecnie na Wawelu. Koniec remontu planowany jest na 2017 rok.
Dzieje zbiorów w czasie II Wojny
W czasie II wojny światowej, aby uchronić zbiory, zostały one wywiezione do pałacu w Sieniawie. Niestety, Niemcy dowiedzieli się o miejscu ukrycia zbiorów. Jest to okres, kiedy wiele dzieł sztuki zaginęła bezpowrotnie, w tym słynny „ Portret Młodzieńca” Rafaela. Fundacja Czartoryskich stale podejmuje działania na rzecz odzyskania rozkradzionych w czasie II wojny, dzieł sztuki.
Od 2010 roku, trwa remont muzeum. Udostępniono do zwiedzenia jedynie niewielką część zbiorów, w tym bogatą kolekcję sztuki starożytnej.
Obecnie muzeum stanowi oddział Muzeum Narodowego.
Muzeum Książąt Czartoryskich, Pijarska 8
Godziny otwarcia: Obecnie oddział nieczynny